สำนักวิชาการ มหาวิทยาลัยเอเชียอาคเนย์ มีหน้าที่หลักเป็นหน่วยสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนให้มีคุณภาพมาตรฐาน เช่น ร่วมกับคณะวิชาทำโครงการพัฒนาผู้สอนและสื่อการสอนให้ทันสมัย การขอเปิดหลักสูตร/สาขาวิชาใหม่ และการพัฒนาหลักสูตร/สาขาวิชาเดิมให้สอดคล้องตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ  เกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรระดับอุดมศึกษา และหลักเกณฑ์ที่เกี่ยวข้อง การประสานกับคณะวิชาในการกำกับตรวจสอบแผนการเรียน การจัดตารางสอนของอาจารย์ตามกรอบหลักเกณฑ์ที่กำหนด การจัดทำตารางสอบของทุกคณะวิชา ตลอดจนดำเนินงานจัดพิมพ์ตำรา เอกสารประกอบการสอน และงานการขอตำแหน่งทางวิชาการของอาจารย์